Lungo la strada che è ottenuta ricoprendo la fossa si trova il palazzo e la cappella palatina, che è la chiesa di sant’Apollinare Nuovo (anche questa chiesa ha avuto molte modifiche, è stata molto bombardata mentre il campanile non esisteva intorno al X secolo e anche la bifora in facciata è un’elemento aggiunto). L’interno è simile alla chiesa di San Giovanni Evangelista sebbene tutta la parte absidale sia stata modificata; la posizione delle colonne indica l’antica posizione dell’altare, la parte basilicale (che è quella originaria originaria), vede un’ordinamento con la sovrapposizione di piani orizzontali, i quali accentuano lo sviluppo in senso longitudinale con le teorie dei santi e delle sante, unito a delle linee orizzontali in alto e l’architrave che sormonta le arcate (direttrici ottiche che accentuano il senso longitudinale della chiesa, che neppure l’ampiezza notevole della struttura riesce a sminuire). Anche qui si riscontra il senso spaziale antico delle aule termali, si tratta quindi di una architettura intrisa di classicità, legata alle volontà politiche di Teodorico. Da notare che uno dei mosaici presenta raffigurato la città di Classe ed il palazzo imperiale e quindi è una fonte primaria per la ricostruzione del palazzo di Teodorico (tuttavia i tendaggi coprono le figure del tempo di Teodorico, non amate dai bizantini).
Anche la tecnica muraria di Sant'Apollinare Nuovo continua quella da tempo in uso a Milano, mentre la realizzazione in vasi laterizi del catino absidale era da secoli tradizionale nell'Italia meridionale e nell'Africa settentrionale. Eppure in questa pianta occidentale si trovano incorporati innumerevoli elementi orientali: la forma poligonale dell'abside all'esterno, da tempo comune a Ravenna, è di origine egea; i capitelli, presumibilmente portati da Costantinopoli. Infine le lesene a contrafforte dei muri esterni sono tagliate da una fascia di mattoni che s'incurva al di sopra delle finestre creando così un intreccio marcato di elementi verticali e orizzontali. Questo motivo, che ricorda le chiese della Siria più che quelle dell'Egeo, è un indice del rapido ampliarsi degli orizzonti culturali dei costruttori di Ravenna nell'ultimo decennio del V secolo. Molto più di questi particolari, le proporzioni, la luce all'interno e gli splendidi mosaici danno un'impressione assai diversa da quella di una basilica tipo nel V secolo a Roma. L'ampiezza della navata, in proporzione alla sua lunghezza, è maggiore, la luce degli archi è proporzionatamente più larga. D'altra parte l'altezza della navata è considerevolmente maggiore della sua ampiezza per cui ne viene un senso di grande spazio. Quest'impressione è accentuata dalla luce: mentre le finestre della navata sono più piccole e più distanziate di quelle delle basiliche romane, le navatelle sono illuminate da finestre larghe quanto quelle della navata centrale: ne risulta un'eguale distribuzione della luce e dell'ombra sia nella navata che nelle navatelle, come era tradizione sulle coste dell'Egeo. Tuttavia nulla contribuisce a definire la fisionomia di Sant'Apollinare Nuovo quanto la sua sontuosa decorazione musiva.